مسجد امیرالمؤمنین(ع) دانشگاه در محله ملاثانی ملاثانی و 24 متری، 18 متری، دوازدهم، بزرگراه اهواز - شوشتر واقع شده است. این مکان یکی از شش مسجد در محله ملاثانی ملاثانی میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی گروه مهندسی طبیعت، زمین چمن، مدیریت امور فرهنگی دانشگاه، پارک دانشجو و پارکینگ قرار گرفته است.