مسجد جامع فاطمة الزهرای کوچه بیوک در محله کوچه بیوک یزد و خیابان امیر خان بیوکی واقع شده است. این مکان یکی از چهار مسجد در محله کوچه بیوک یزد میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی پاساژ خاتم و همچنین آتشکده زرتشتیان کوچه بیوک، آب انبار کوچه بیوک، بازرگانی فرش کریمی، نانوایی بربری و اموزشگاه مراقبت زیبایی نازگل قرار گرفته است.