مسجد جان آقا در محله جان آقا مرند و خیابان جان آقا واقع شده است. این مکان یکی از سه مسجد در محله جان آقا مرند میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی مراکز مهمی مانند بیمارستان تخصصی رازی، موزه شهرداری مرند و بازار رضا و همچنین مسجد امام خمینی (مسجد بازار مرند)، رستوران حاج نعمت، فست فود نارنج، بازار موبایل الماس و مسافرخانه ژاله قرار گرفته است.