بنای این مسجد توسط محمد خان برومند و در سال ۱۳۳۷ صورت گرفته است.
مسجد حضرت امام خمینی در شاهین شهر و خیابان دانشگاه واقع شده است. و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی دانشگاه صنعتی مالک اشتر اصفهان، مسجد دانشگاه، بانک تجارت، گلزار شهدای گمنام دانشگاه و سالن اجتماعات شهید نبوی منش قرار گرفته است.