مسجد بقیة الله صاحب الزمان در اراک و خمین - اراک، بلوار خمین واقع شده است. و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی مسجد دانشگاه آزاد اراک، ایستگاه اتوبوس دانشگاه خروج، دانشکده علوم پزشکی، در شماره ۲ دانشگاه آزاد اراک و بانک ملی شعبه دانشگاه قرار گرفته است.