مسجد سید خندان در محله سید خندان تهران و بزرگراه شهید همت، بروجردی واقع شده است. این مکان یکی از سه مسجد در محله سید خندان تهران میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی مراکز مهمی مانند بیمارستان چشم پزشکی نگاه و میوه فروشی گلبهار و همچنین میدان تره بار جلفا، دادگاه های صلح و شورای حل اختلاف شماره 4 شهید احمدی روشن، میدان احمدی روشن، بیمه تجارت نو و درنا ساندویچ قرار گرفته است.