مسجد خندق در محله خندق قم و خیابان خندق واقع شده است. و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی مراکز مهمی مانند موزه مردم شناسی و خانه تاریخی زند و مجتمع ناشران و همچنین کبابی گذر قلعه، امامزاده سلطان محمد شریف، مرکز فقهی ائمه اطهار، حوزه هنری انقلاب اسلامی استان قم و نانوایی سنگک قرار گرفته است.