مسجد موسی ابن جعفر در محله شهرک امام خمینی شاهرود و خیابان سلمان فارسی واقع شده است. و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی رستوران ریحون، چلو کبابی سنتی بناب، کله پزی بره ناقلا، تعمیرگاه مکانیکی سید میرغفوری و مصالح ساختمانی و لوازم بهداشتی ابوطالبی قرار گرفته است.