مسجد حضرت رقیه (س) در محله اسلام آباد زنجان و خیابان آیت الله مدنی واقع شده است. این مکان یکی از نه مسجد در محله اسلام آباد زنجان میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی مراکز مهمی مانند پارک دلفین و مهرسازی پارسه و همچنین تیپاکس، فروشگاه اینترنتی کامپیوتر و موبایل لایف رایان، ساندویچ شبنم، فروشگاه پوشاک سون بِشیک و بانک ملت قرار گرفته است.