مسجد فاطمه الزهرا (س) در محله کوی فاطمیه زنجان و خیابان دیانت ۲ واقع شده است. این مکان یکی از دو مسجد در محله کوی فاطمیه زنجان میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی موزه تاریخ طبیعی زنجان و همچنین مسجد، کوی فاطمیه و سرویس بهداشتی قرار گرفته است.