مسجد امام زین العابدین در محله کوی قدس آبادان و خیابان بهار ۳۷ واقع شده است. این مکان یکی از سه مسجد در محله کوی قدس آبادان میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی رودخانه بهمنشیر و همچنین بوستان ساحلی ۳، سوپر مارکت و اسکله تفریحی بهمنشیر قرار گرفته است.