مسجد امیر المومنین در محله جاده فرودگاه استان یزد، شهرستان یزد و خیابان شهید آیت الله سید ابراهیم رئیسی، ، گوهر جنوبی-65 آزادگان-4 پاسارگاد واقع شده است. این مکان یکی از سه مسجد در محله جاده فرودگاه استان یزد، شهرستان یزد میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی هایپر شین، شوینده بهداشتی میخک و آهنگری صادقی قرار گرفته است.