مسجد آقا علی در کرمان و خیابان بازار اختیاری واقع شده است. و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی مراکز مهمی مانند حمام وکیل کرمان، اکونو موزه بانو حیاتی و بازار ارگ کرمان و همچنین حمام گنجعلی خان، هتل کاروانیکا، بازار مسگرهای کرمان، پارکینگ بازار ارگ و مسجد گنجعلی خان قرار گرفته است.