مسجد فاطمه الزهرا (س) در محله گلبهار اصفهان و خیابان میرعماد واقع شده است. این مکان یکی از دوازده مسجد در محله گلبهار اصفهان میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی مراکز مهمی مانند موزه عصارخانه شاهی و بازار قیصریه و همچنین کباب بریانی حاج محمود شفاعت، هتل و رستوران ستاره، سینما فرهنگیان، مرکز مدیریت حوزه های علمیه استان اصفهان و پارکینگ طبقاتی کرمانی قرار گرفته است.