مسجد امام حسین (ع) در محله یخچال قاضی قم و خیابان ۱ (باغ شازده) واقع شده است. این مکان یکی از پنج مسجد در محله یخچال قاضی قم میباشد و از نظر موقعیت جغرافیایی در نزدیکی مراکز مهمی مانند حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه، گنجینه آثار مراجع عظام و پاساژ قدس و همچنین هتل آرش، کتابخانه آیت الله مرعشی نجفی، رستوران و کبابی سفره مادر، آب انبار تاریخی سلماسی و ایستگاه اتوبوس چهار راه شهدا قرار گرفته است.