در خلال تدارک برای حمله به بخارا، روسیه به ایران حمله کرد و آقامحمدخان به قفقاز بازگشت اما پیش از رسیدن او سپاه روس عقبنشینی کرده بود. سپس با ابراهیمخان، حاکم قرهباغ، درگیر شد؛ تا اینکه وی از جانبش گریخت. پس از این اتفاق، وارد شوشی، مرکز قرهباغ، شد و در سومین روز اقامت در آنجا توسط خدمتکارانش کشته شد. البته به نظر من حقش بود چون آدم کینه ای و عقده ای بود